In 1480 staat er in De Meern een kapel die onder Vleuten ressorteert. In deze kapel is een vicarie (geestelijke stichting waarvan de stichter eigenaar is) gevestigd welke gewijd is aan de H. Antonius. Aan het eind van de 16e eeuw is deze vicarie in bezit van de heren van kasteel Nijevelt.

De toestand van de kapel is in het begin van de reformatie zó slecht - een arm vervallen capelleken - dat er alleen nog maar school in gehouden kan worden. Zeer onregelmatig wordt er door de predikant van Vleuten gepreekt.

In 1627 wordt de kapel geopend voor regelmatige diensten. Maar het duurt tot 1643 voordat er elke zondag dienst kan worden gehouden, en dan meestal door proponenten (kandidaten theologie). De eerste doop die wordt aangetekend is op 8 september 1644 en wel van Maria Loijse, dochter van Jonkheer Bartholomeus van Panhuijs, Heer van Voorne, en Mechtelt van Reede tot Drakensteijn.

De eerste predikant van de Hervormde Gemeente in De Meern is Johannes Costerus die op 24 juni 1645 wordt bevestigd. De geschiedenis van de Hervormde Gemeente is van haar oorsprong tot 1977 uitvoerig beschreven door de heer Jac. de Bruijn in zijn boek "De Hervormde Gemeente". De namen van de predikanten die de Hervormde gemeente hebben gediend, staan vermeld op drie borden in de kerk. Van een groot aantal Hervormde en Gereformeerde predikanten is een portret te zien in de consistorie.

Het samengaan met de lokale Gereformeerde Kerk is door beide kerkelijke gemeentes positief benaderd en leidde tot een gezamenlijke, feestelijke, dienst op 16 september 2001 in zowel De Meern als Vleuten. Ter gelegenheid van de federatie van beide kerken heeft het kerkgebouw de naam Marekerk gekregen.

Vanaf 1 mei 2004 gaan beide kerken samen onder de naam: Protestantse (wijk)Gemeente De Meern en maakt daarmee deel uit van de Protestantse gemeente Vleuten en De Haar, De Meern, Leidsche Rijn-Oost.